肛裂的发病机制迄今不明。百余年来，许多学者从解剖学上作如下探索。

肛瓣 肛瓣是直肠柱下端之间的半月形皱襞，6～12个，其游离缘向上。早在1908年Baall设想：肛裂是肛瓣被干硬粪块撕裂后向下延伸而成的线样创口。但是肛裂通常在齿线以下，距肛瓣尚远，并未见肛瓣被撕伤的痕迹，故这一说法不能成立。

Minor三角 外括约肌浅部肌束在肛门后方呈“Y”形分叉，与皮下部肌束构成Minor三角，该处肛管皮肤缺乏肌肉支持，为一薄弱区。1937年Blaisdell根据外括约肌的解剖学排列指出：皮下部横位于三角的前方，犹如栅状，当干硬粪块跨越其前面或肛门过度扩张时，易于后方裂伤形成肛裂，此即Blaisdell栅门学说。但是，组织学证实，肛裂的基底部不是外括约肌皮下部，而是内括约肌，外括约肌并非肛裂的病因。

栉膜与栉膜带 栉膜是指齿线与括约肌间沟之间的肛管上皮而言，是肛管的正常结构。“栉膜带”（pecten band）是1919年Miles作为肛裂的病因病理学说而提出来的名词，目前在我国有关肛裂的文献上仍广为引用，其实早在上个世纪50年代就已查明，栉膜带就是内括约肌，如Miles所描述的栉膜下纤维组织增生而成的“栉膜带”是不存的。他所倡导的栉膜切断术，事实上就是内括约肌切断术。

肛门动脉 1989年Klosterhalfen等通过尸体血管造影，发现正常人两侧肛门动脉的分支，在肛后连合处吻合较好者仅有15%，而85%的人无吻合，该处小血管密度低于前连合和两侧，形成乏血管区。肛门动脉穿经内括约肌间隔处发出的小支与肌纤维呈垂直方向进入肌内，有可能在肌肉痉挛性收缩压迫血管，加重肛后连合的缺血现象。Lund（1999）用组织学方法观察肛管各象限皮肤区及内括约肌区的血管分布，发现齿线上下各1cm的间距中，后方的小动脉数明显低于其它区。

上述解剖学发现，被生理检测和临床试验所证明。

Schouten(1994)用激光多普勒血流测定仪，检测31例健康成人的肛管皮肤血流，证实肛后连合区血流灌注压明显低于肛管其它区。