肛裂再因主要是粪便干结。硬性通过肛管时，擦伤肛管皮肤，撕裂肛管造成的。肛门上皮与直肠粘膜不同，伸缩性小，大便干燥。排便时容易受刺激、被擦伤。受伤部位90%是在背侧(肛门时钟的六点位上)。肛门受伤后导致出血，出血量较小，但感觉非常疼痛，不仅在排便时感到疼痛，排便后一段时间内也会感到剧痛无比，因此也有些人从此害怕上厕所，控制排便，导致便秘，从而加重肛裂的程度。

早期的肛裂只需要改善日常生活习惯就能治愈，但因为是在排便通道口肛门处受伤所以排便时容易使伤口扩大。伤口也就不容易愈合了，再加上持续便秘，大便干燥。致使初很浅的伤口渐渐加深，伤口周围呈堤防状以致“溃疡化”，这被称做"肛门溃疡”发展成肛门溃疡后，肛门变得越狭窄，导致“肛门狭窄”，肛门变得只有铅笔粗细般狭窄，造成排便困难。这时，只有通过手术来扩大肛门，伤口也就不容易愈合了，再加上持续便秘，大便于燥，致使初很浅的伤口渐渐加深，伤口周围呈堤防状以致“溃疡化”，这被称做”肛门溃疡”，发展成肛门溃疡后，肛门变得越来越狭窄，导致“肛门狭窄”，肛门变得只有铅笔粗细般狭窄，造成排便困难，这时，只有通过手术来扩大肛门。另外，肛门溃疡致使排便困难，粪便中的细菌侵入伤口，引起感染，发生炎症，溃疡的直肠部分生有息肉(肛门息肉)。溃疡的肛门部分生成“皮肤痔”或被称之为'前哨痔"的像小疙瘩似的突起物像这种生成息肉和前哨痔的肛裂也需要通过手术来治疗。但肛裂产生的息肉与所谓的大肠息肉性质不同，不会发生肿瘤变。