肛瘘是一种必须接受专业治疗的疾病，不像一般的小脓肿通过自我处理就可能得到痊愈。因为肛瘘不仅有外口，还有一个位于肛门直肠内壁的内口，脓性物质虽然通过外口排出体外，但原发病灶感染源仍然存在，肠内容物还是可以由内口进入瘘管内。肠腔中各种排泄物进入瘘管后，反复感染形成长期慢性炎症，使瘘管壁结缔组织增生变厚，形成纤维化管壁，难以闭合。而且，局部炎症刺激可引起肛门括约肌痉挛，阻碍了瘘管腔中脓液的引流，不利于管道自愈。

肛瘘一般没有疼痛感，这是因为肛瘘常发于直肠周围的间隙，间隙中充满脂肪结缔组织，神经分布很少，感觉迟钝，所以患者无明显疼痛，易延误治疗而形成脓肿和瘘管。但这并不是说肛瘘就不会引起疼痛，当管道外口闭合，或引流不畅导致脓液积聚时，可出现局部的胀痛或跳痛。另外，如果肛瘘的内口较大，排便时粪便可进入管道，会引起较为剧烈的疼痛，也有的患者会出现肛门附痛，或腰骶部酸痛。

因为没有持续疼痛，肛瘘往往不容易引起患者的重视，没有得到及时治疗，从而在肛周反复感染，感染范围会沿括约肌间隙蔓延，形成复杂性肛瘘，治疗起来会更为麻烦。如果再进一步感染其他组织，就会引发其他疾病，甚至引发肿瘤变。