肛瘘不能自愈。不治疗会反复发作直肠肛管周围脓肿，因此必须手术治疗。治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。手术方式很多，手术应根据内口位置的高低、瘘管与肛门括约肌的关系来选择。

肛瘘的治疗方案

一、瘘管切开术

是将瘘管全部切开开放.靠肉芽组织生长使伤口愈合的方法。适用于低位肛瘘，因瘘管在外括约肌深部以下。切刀开后只损伤外括约肌皮下部和浅部，不会出现术后肛门失禁。 手术在骶管麻醉或局麻下进行，患者侧卧位或截石位，首先由外口注入美蓝溶液，确定内口位置，再用探针从外口插入瘿管内了解瘘管的走行情况及与括约肌的关系。在探针的引导下，切开探针上的表层组织，直到内口。刮去瘘管内的肉芽组织及坏死组织，修剪皮缘，使伤口呈内小外大的V形创面，创口内填入油纱布，以保证创面由底向外生长。

二、肛瘘微创法

东大肛肠医院治疗肛瘘采用HCPT微创术，是现今先进且专业的治疗肛瘘手术。该手术用新一代美国进口全电脑多功能肛肠治疗系统HCPT操作，该设备具有高频电容场痔疮治疗功能、高频电刀、电容场止血钳功能。治疗过程无疼痛、不出血、快速、，不需住院，不影响工作。治疗后复发率极低。这种微创微痛治疗是通过直肠纤维镜进入到肛门里面，通过监视器，直接对内口进行微创电凝，使肛瘘的内口干结闭合，然后洗干净瘘管里面的脓液，这样大便后，粪便里面的细菌和粪水进不到周围的组织里面去，就不会形成感染，疼痛，那样才会痊愈。