肛瘘一旦形成就不可能自愈，必须采取手术治疗，肛瘘的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开创面，促使愈合。肛瘘手术关键是减少肛门括约肌损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。治疗肛瘘常用的是以下几种方法：

1. 挂线术：是利用橡皮筋或有腐蚀性作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘的方法。其机理是通过紧线或弹力收缩，可以局部产生缺血性坏死而缓慢分离。在逐渐分离过程中，括约肌分离和组织的纤维化修复可同时进行。使分离后的肌端有附着点，从而缩小分离后两断端距离，减少功能障碍。挂线术用于治疗高位单纯性肛瘘或作为高位复杂性肛瘘的辅助治疗。

2. 肛瘘切除术：切开瘘管，并将瘘管壁全部切除至健康组织，创面可不缝合或部分缝合。此法适合于低位肛瘘。

3. 肛瘘切开术：是将瘘管全部切开，靠肉芽组织生长使伤口愈合的方法。是传统的、可靠的方法。适合于低位肛瘘或高位肛瘘的低位部分。

4. HCPT微创术该手术用新一代进口全电脑多功能肛肠治疗系统HCPT操作，该设备具有高频电容场痔疮治疗功能、高频电刀、电容场止血钳功能。治疗过程疼痛小、出血少、快速、，，不影响工作。治疗后复发率极低。这种微创治疗是利用直肠纤维镜进入到肛门里面，通过监视器，直接对内口进行微创电凝，使肛瘘的内口干结闭合，然后洗干净瘘管里面的脓液，这样大便后，粪便里面的细菌和粪水无法进入周围的组织，由此阻断感染源头及痛感，使之痊愈。

东大肛肠医院专家告知：瘘管切开和切除术、挂线疗法、切开挂线法是很多医院延用的治疗肛瘘的办法，但它们却不是治疗肛瘘的好办法。传统的治疗方法在给患者带来痛苦的同时，还伴有大便失禁，括约肌损伤等并发症，究其实质，不外乎肛瘘的切开或切除术以及挂线疗法，这些治疗方法都很容易复发。HCPT微创术则以疼痛小、出血少、快速、等各项优异成绩，使传统疗法黯然失色。