对于各种不同类型的肛周脓肿，其肛周脓肿治疗原则通常是一致的，即主要的就是及时切开排脓，并做到引流通畅，以及全程的抗炎治疗措施。而不同的只是切开时切口的选择、引流方式的选择以及抗炎药物的选择。肛门周围皮下脓肿可行单纯的切开，直肠粘膜下脓肿可直接在肠粘膜上作纵行切口并排脓。对骨盆直肠窝脓肿、坐骨直肠窝脓肿、直肠后脓肿等治疗相对较复杂。

在治疗肛周脓肿的时候，一般认为要注意以下几点。

①切口要准确，必要时可先行穿刺抽脓，选好切口部位再切开。

②浅部脓肿切口呈放射状，直达脓腔，并挤压脓腔周围使脓液尽可能排完。深部脓肿应做直切口，避免损伤括约肌，切开后以止血钳或蝶型探针做钝性分离，达脓腔，并使脓液排尽。

③引流要，脓肿切开后应以手指探查脓腔，尤其是马蹄形脓肿，应分开脓腔中的纤维间隔，以利引流。对肛门周围皮下脓肿，引流物可选择凡士林纱条或橡胶片，而对深部脓肿的引流则必须使用橡皮管或卷烟引流条。

④抗炎药物的选择很大程度上影响着治疗的成败。对肛周脓肿的急性感染期和手术后初期，抗生素的使用要足量、全程，可使用广谱抗生素，或青霉素、甲硝唑、庆大霉素等联合使用。

⑤术中应以探针探取原发感染性内口，必要时可用亚甲蓝来显示内口的所在，切开原发性的肛窦内口，常常可预防肛瘘的形成，以达到的一期手术肛周脓肿治疗效果。

对于肛周脓肿的治疗，东大肛肠医院采用HCPT微创术治疗，可以通过一次性手术治疗，避免了传统疗法要进行两次手术的弊端，大大缩短了患者康复时间，减少了患者痛苦。手术时，该院专家借助先进的探针配合双氧水灌注的方法，准确找到全部内口，有效避免漏诊、漏治。一反传统手术将瘘管全部挑开的方式，以微创的小切口，只对主灶切开，对口引流，对内口和外口分解处理，部分切开部分保留，化复杂为单纯，在治疗疾病的同时，不损伤肛门功能，将手术创口至少缩小了三分之二，大程度减少了对机体的损害。