肛门直肠周围脓肿绝大多数属瘘管性脓肿，多为肛窦损伤，肛腺(内口)感染引起。一般手术切开引流后，由于内口感染病灶仍然存在，致感染物不断侵入内口，腔窦道，田此将后遗肛瘘，需再次手术才可能治愈。老年体弱，生理状况差及深部脓肿者，可考虑先切开排脓，待成瘘后再手术治疗。现在多倾向行瘘管性脓肿术，这是依据肛腺感染学说而设计的，即在切口排脓同时，处理感染肛腺(内口)，达到一次手术治愈的目的。该手术的关键是：正确寻找内口，处理原发病灶及引流通畅。

脓肿内口所在部位多有如下规律：肛门后侧脓肿，内口一般位于肛管后侧，约占肛门直肠周围脓肿总数60％；肛管前侧脓肿，内口多位于肛管前部；坐骨直肠窝，骨盆直肠间隙脓肿，内口主要位于后侧及左右两侧。内口寻找一般根据脓肿的部位深浅，以及指检，肛镜，染色，探针检查来确定(可参考肛瘘手术注意事项)。手术时切开内口，必须同时切开下面的腺管，并切除感染肛腺及周围组织。

手术切口的选择：依脓肿深浅和大小而定，浅部脓肿可用放射状切口，深部脓肿及马蹄形脓肿应行弧状切口。其原则是既要清创，引流充分通畅，又要使括约肌损伤小。

手术切口的缝合：在不影响内口引流通畅的前提下，应尽量全层缝合清创后的脓腔，以缩小创面，减少瘢痕，保护肛门功能，缩短愈合时间．弧形切口都可缝合，放射状切口远端可酌情缝合。

挂线问题：视脓腔穿越括约肌深度来确定是否需要挂线。对于穿越深层外括约肌的高位脓肿，则需挂线以防止术后肛门括约肌闭锁功能受损。

对于肛周脓肿的治疗，东大肛肠医院采用HCPT微创术治疗，可以通过一次性手术治疗，避免了传统疗法要进行两次手术的弊端，大大缩短了患者康复时间，减少了患者痛苦。手术时，该院专家借助先进的探针配合双氧水灌注的方法，准确找到全部内口，有效避免漏诊、漏治。一反传统手术将瘘管全部挑开的方式，以微创的小切口，只对主灶切开，对口引流，对内口和外口分解处理，部分切开部分保留，化复杂为单纯，在治疗疾病的同时，不损伤肛门功能，将手术创口至少缩小了三分之二，大程度减少了对机体的损害