现在肛瘘分类亦多，有按病因、病理分类，有按内外口的位置及侵犯组织的程度分类。

一、按肛瘘的病因和病理性质分类：可分为非特异性肛瘘（即化脓性肛瘘）和特异性肛瘘二类。在特异性肛瘘中，又可进一步分为：结核性肛瘘、梅毒性肛瘘和放线菌性肛瘘三种。

二、全国肛肠外科会议（1975）统一标准分类法：以外括约肌深部划线为标志，瘘管经过此线以上为高位，在此线以下为低位，这在国内已普遍采用。

1． 低位单纯性肛瘘：只有一个瘘管，并通过外括约肌深部以下，内口在肛窦附近。

2． 低位复杂性肛瘘：瘘管在外括约肌深部以下，外口和瘘道有二个以上者，内口在肛窦部位（包括多发性瘘）。

3． 高位单纯性肛瘘：仅有一个瘘道，瘘管穿过括约肌深部以上，内口位于肛窦部位。

4． 高位复杂性肛瘘：有二个以上外口及瘘管有分支，其主管通过外括约肌深部以上，有一个或两个以上内口。

三、按内外口分类

1． 单口内瘘：又称为内盲瘘，只有内口与瘘管相通连，无外口。

2． 内外瘘：瘘管有内外口，外口在体表，内口在肛窦，下有瘘管相通连。此种肛瘘为多见。

3． 单口外瘘：又称为外盲瘘，只存外口下连瘘管，无内口。此种肛瘘临床上较少见。

4． 全外瘘：瘘管有两个以上外口相互有管道通连，而无内口，此种肛瘘临床上较少见。

四、Parks分类法：按瘘管与括约肌的关系，将肛瘘分为四类：

1． 括约肌间肛瘘 （低位肛瘘），为常见，约占70％，是肛管周围脓肿的后遗症。瘘管只穿过内括约肌，外口常只有一个，距肛缘较近，为3-5厘米。

2． 经括约肌肛瘘（低位或高位肛瘘）， 约占25％，为坐骨直肠窝脓肿的后遗症。瘘管穿过内括约肌、外括约肌浅部和深部之间，外口常有数个，并有枝管互相沟通，外口距肛缘较远，约 5厘米。

3． 括约肌上肛瘘（高位肛瘘） ，占 5％。瘘管向上穿过肛提肌，然后向下至坐骨直肠窝而穿透皮肤。由于瘘管常累及肛管直肠环，故治疗较困难。

4． 括约肌外肛瘘（呶桓仞?，占 1％，为骨盆直肠间隙脓肿合并坐骨直肠窝脓肿的后果。瘘管穿过肛提肌，直接与直肠相通。这种肛瘘常为克隆氏病、肠肿瘤或外伤所致。

五、按瘘管形态分类：1．直瘘；2．弯曲瘘；3．前后蹄铁形肛瘘。