肛瘘祖国医学又称为肛漏，认为与多食肥甘、辛辣、饮酒等产生湿热，湿热下注肛门，气血运行不畅，成痈成脓，溃破后遗留而成。现代医学认为肛瘘是肛门周围脓肿的后遗症，由于自行破溃或人为切开放脓后，脓腔逐渐萎缩而形成肛门内外相通的瘘管。由于瘘管与肛门内相通，分泌物时常进入瘘管内，致瘘管反复感染，因而难以愈合。瘘管时间越长有可能越发复杂，主要是由于外口会暂时闭合，当再次感染后，可能从瘘管的附近产生枝节，亦即形成复杂的肛瘘了。

肛瘘从本质上讲是肛门直肠周围脓肿的一种后遗症。所以其病因与肛周脓肿是一样的，即肛窦感染，这是主要原因，临床上绝大多数肛瘘都由此而来。另外，现代医学认为，以下原因也能导致肛瘘：

1.肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染多在肛窦。肛窦则是继发感染的门户，反复感染，形成瘘道。

2.瘘道多在肛门括约肌之间通过，由于括约肌经常不断地收缩与舒张，压迫瘘道，影响脓液的排除，容易贮脓感染而难以愈合。

3.直肠内有一定的压力，将直肠感染物质如粪便、气体，可经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发感染后由外口排出，也是造成瘘道的原因。

4.肛门直肠周围脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，因而不能自然闭合。

5.瘘道弯曲、或有窦、分支，引流不通畅，脓液潴留，反复感染，造成瘘道不易愈合。

6.肛门静脉回流不畅，局部经常淤血，组织营养不良，影响愈合。

7.结核杆菌、放线菌等感染所形成的脓肿，克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛瘘。

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