大部分肛瘘由肛门直肠脓肿破溃或切开排脓后形成。脓肿逐渐缩小，但肠内容物仍不断进入脓腔，在愈合缩小的过程中，常形成迂曲的腔道。

皮脂腺是附属于皮肤的一个重要腺体，它的分布很广、除手、脚掌外遍布全身，以头面、胸骨附近及肩胛间皮肤多。皮脂腺的分泌受雄性激素和肾上腺皮质激素的控制。

在幼儿时皮脂分泌量较少，青春发育期分泌活动旺盛，主要成分为甘油三酯、脂肪酸、磷脂、脂化胆固醇等。皮脂腺的发育和分泌受性激素的调节，青春期分泌活跃。

肛管直肠瘘主要侵犯肛管，很少涉及直肠，故常称为肛瘘，是与会阴区皮肤相通的肉芽肿性管道，内口多位于齿线附近，外口位于肛周、皮肤处。整个瘘管壁由增厚的纤维组织组成，内复一层肉芽组织，一旦发病经久不愈。

流脓是肛瘘的主要症状，脓液多少与瘘管长短，多少有关。瘘管通畅无炎症时常不感疼痛，只感觉局部发胀和不适，行走时加重。

由于脓液不断刺激肛周皮肤，常感觉瘙痒，肛周潮湿不适，皮肤变色、表皮脱落，纤维组织增生和增厚，有时形成湿疹。

复杂性肛瘘口久不愈，可引起肛门直肠周围形成大的纤维化瘢痕或环状的条索，影响肛门的舒张和闭合，大便时感到困难，有便意不尽的感觉。