肛瘘多由某种肛管直肠周围脓肿发展而来。肛管直肠周围脓肿一类与肛腺及肛瘘有关，称为原发性急性肛腺肌间瘘管性脓肿，简称瘘管性脓肿，较多见。一类与肛腺及肛瘘无关，称为急性非肛腺性非瘘管性脓肿，简称非瘘管性脓肿较少见。目前多按肛管与括约肌的关系将肛瘘分为四类。

肛瘘的分类：

1、括约肌上肛瘘 为高位肛瘘，少见，占5%。瘘管向上穿过肛提肌，然后向下至坐骨直肠窝穿透皮肤。由于瘘管常累及肛管直肠环，故治疗较困难，常需分期手术。

2、括约肌间肛瘘 多为低位肛瘘，常见，约占70%，为肛管周围脓肿的后果。瘘管只穿过内括约肌，外口常只有一个，距肛缘较近，约3～5cm。少数瘘管向上，在直肠环肌和纵肌之间形成盲端或穿入直肠形成高位括约肌间瘘。

3、括约肌外肛瘘 少见，占1%，为骨盆直肠脓肿合并坐骨直肠窝脓肿的后果。瘘管穿过肛提肌直接与直肠相通。这种肛瘘常由于克隆病、肠癌或外伤所致，治疗要注意其原发病灶。以上分类在高低位方面较细致，有利于手术方法的选择。

4、经括约肌肛瘘 可以为低位或高位肛瘘，约占25%，为坐骨直肠窝脓肿的后果。瘘管穿过内括约肌、外括约肌浅部和深部之间，外口常有数个，并有支管互相沟通。外口距肛缘较近，约5cm左右，少数瘘管向上穿过肛提肌到直肠旁结缔组织内，形成骨盆直肠瘘。

除了以上四种肛瘘的分类，还有一种复杂性肛瘘，即有1个内口与多个外口，但有人认为，复杂性肛瘘不应以外口的多少划分，而是指主要瘘管累及肛管直肠环或环以上者，虽然这种肛瘘只有1个外口及1个内口，但治疗比较复杂，故称为复杂性肛瘘，相反，有时肛瘘虽有多个外口，但治疗并不复杂。