肛瘘有原发性内口、瘘管、支管和继发性外口。内口即感染源的入口，多在肛窦内及其附近，后正中线的两侧多见，但也可在直肠下部或肛管的任何部位。瘘管有直有弯，少数有分支。外口即脓肿溃破处或切开引流的部位，多位于肛管周围皮肤外，由于原发病灶不断经内口进入管道，加之管道迂曲行走于内、外括约肌附近，管壁由纤维组织构成，管内有肉芽组织，故经久不愈。

一般单纯性肛瘘只有一个内口和一个外口，这类多见。若外口暂时封闭，局部引流不畅，则又逐渐发生红肿，再将形成脓肿，封闭的外口可再穿破或在其他处形成另一外口。如此反复发作，便病变范围扩大或有时造成几个外口，与内口相通，这种肛瘘称为复杂性肛瘘，即有一个内口与多个外口。但有人认为，复杂性肛瘘不应以外口的多少划分，而是指主要管道累及肛管直肠环或环以上者。虽然这种肛瘘只有一个外口及一个内口，但治疗比较复杂，故称为复杂性肛瘘。相反，有时肛瘘虽有多个外口，但治疗并不复杂。

东大肛肠医院治疗肛瘘采用HCPT微创术，是现今先进且专业的治疗肛瘘手术。该手术用新一代美国进口全电脑多功能肛肠治疗系统HCPT操作，该设备具有高频电容场痔疮治疗功能、高频电刀、电容场止血钳功能。治疗过程无疼痛、不出血、快速、，不需住院，不影响工作。治疗后复发率极低。这种微创微痛治疗是通过直肠纤维镜进入到肛门里面，通过监视器，直接对内口进行微创电凝，使肛瘘的内口干结闭合，然后洗干净瘘管里面的脓液，这样大便后，粪便里面的细菌和粪水进不到周围的组织里面去，就不会形成感染，疼痛，那样才会痊愈。