肠瘘应根据不同阶段给予相应的治疗：第一阶段（瘘发生后7～10日）患者处于瘘口尚未稳定期与感染的初期，腹腔内感染严重，局部炎症水肿，如手术修补肠瘘口往往失败，而且会导致感染扩散；应该给患者禁食，胃肠减压，并给予是胃肠外营养纠正一般情况；给予抗生素，引流腹腔感染灶，并将肠内容物引流出腹腔（伤口暴露及时清除或插管引流）。

第二阶段（10～30日） 经过第一阶段处理，患者逐渐恢复，瘘口经过引流或处理已成为“被控制”的瘘，感染仍很严重或继续发展扩散时应积极控制感染加强营养。尤其是全静脉营养是必要的手段，以供给热量与氮源。

第三阶段（1～3月）经1～2阶段处理，效果较好的瘘口已愈合或稳定，因肠瘘较低对营养的影响不大，但瘘口不愈合时，应及时了解不愈合的因素，常见的原因：①瘘口远端梗阻；②瘘管的组织已上皮化；③结肠粘膜与腹壁愈合，使瘘口呈唇状；④瘘口部有异物存在；⑤瘘口附近有脓肿引流不畅；⑥特殊感染或肿瘤存在。

这段时间重点是寻找瘘口不愈合的原因，控制腹腔内感染，尤其是肠壁间隙脓肿，高度怀疑时应及时剖腹探查引流脓肿。当然B型超声能检查证实时，可在其引导下行穿刺抽脓，注入抗生素，以解除手术中腹腔广泛粘连，易损伤肠管的顾虑。

第四阶段 肠瘘未愈合的患者，腹腔感染控制，瘘口局部情况好，可考虑择期手术，清除病因，以关闭瘘口。如瘘口远端梗阻应解除后再修补瘘口；单纯唇状瘘，或管状瘘，可将瘘翻向肠腔而不要过多的探查腹腔，当然吻合局部因特殊感染或肿瘤存在时，应将病变切除吻合。

广州社会信赖的东大肛肠医院利用新技术——HCPT微创术治肛瘘很受患者欢迎：医院专家指出：目前临床应用的高位复杂性肛瘘的佳治疗方法，是HCPT微创术。HCPT微创术通过直肠纤维镜进入到肛门里面，通过监视器，直接对内口进行微创电凝，使肛瘘的内口干结闭合，然后洗干净瘘管里面的脓液，准确到位，确保了手术的成功。美国HCPT微创消融术原理：利用高频电容场的产热原理，使仪器、电极、组织三者得到佳匹配，通过高频电容场，使组织内带电离子和偶极离子在两极间高速震荡产生内源性的热，药物离子能够在短时间内顺利导入病患根部特别组织，使组织液干结、组织坏死、继而自然脱落，对肛瘘疗效十分显着。