儿童长期便秘，由于食物糟粕经常积滞于肠道内，在细菌的作用下发酵并腐败，产生大量的有害气体和有毒物质，经肠道吸收后进入血液，在通过循环到各个器官。毒素到达大脑后，使脑神经受到恶性刺激，妨碍脑神经的正常功能，记忆力不仅下降，且逻辑思维能力和创造思维能力也可能受到影响；有便秘史的儿童，由于膨胀的直肠压迫膀胱，导致膀胱容量缩小，白天尿频，夜间遗尿。上学的孩子为了控制频繁上厕所，控制饮水，又加重便秘，这是儿童便秘不易纠正的原因之一。夜间遗尿会加重儿童心理负担，家长只知责备和抱怨，并不知道纠正便秘也可治愈遗尿。

尽管95%的儿童便秘是功能性的，但仍存在其它原因，便秘可以由于一些与胃肠系统有关的系统性疾病或解剖上的异常引起。详细的体检也非常重要，当病史及体格检查足以证明为功能性排便紊乱，没有必要进行其他检查，就可以制定行动方案，包括向儿童及其家长重声孩子无器质性或其它危险性疾病，同时鉴别是功能性大便滞留或是神经系统疾病的紊乱。

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功能性便秘，即无任何器质性病变，只有单纯的便秘症状，在小于5岁的儿童较多见，此病往往伴有在一星期内少于3次的排出硬结大便者。父母往往回忆称它的出现在母乳喂养不能持续进行时或其它全乳供婴儿食用时发生。这种情况基本上无解剖上或功能上的病因，这种便秘往往采用给婴儿食用一些高糖食品如果汁、糖浆等，以使便变软。

不管是稀便或干燥大便，有些婴幼儿在排便时都声嘶力竭。据估计这主要是由于这些新生儿未能将腹压升高与盆底肌肉放松这两个过程有机结合起来导致的。这种排便困难一般出现在刚出生两、三个月内，每天发生两三次，每次持续20分钟，这种情况往往随着年龄增长自动消失，父母必须被告知并让他们确信这种情况是新生儿成长学习过程，没有必要进行人为干预。