肛瘘的病因主要是细菌感染。细菌以大肠杆菌、结核杆菌、变形杆菌为主。细菌侵犯的部位是肛隐窝、肛门腺导管和肛门腺体。肛门腺感染、化脓，形成肛周脓肿，自然破溃。或经手术切开排脓后，脓肿壁由结缔组织和肉芽组织增生、缩窄成管状，外口缩小，内口继续感染，不能自愈，即成肛瘘。脓肿破溃或切开引流后，常不能治愈。肛瘘的病因常见的有以下几点：

1. 肛门直肠周围脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，因而不能自然闭合。

2. 结核杆菌、放线菌等感染所形成的脓肿，克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛瘘。

3. 直肠内有一定的压力，将直肠感染物质如粪便、气体，可经常不断地从内口进入瘘道，刺激腔壁，继发感染后由外口排出，也是造成瘘道的原因。

4. 瘘道弯曲、或有窦、分支，引流不通畅，脓液潴留，反复感染，造成瘘道不易愈合。

5. 肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染多在肛窦。肛窦则是继发感染的门户，反复感染，形成瘘道。

6. 瘘道多在肛门括约肌之间通过，由于括约肌经常不断地收缩与舒张，压迫瘘道，影响脓液的排除，容易贮脓感染而难以愈合。

7. 肛门静脉回流不畅，局部经常淤血，组织营养不良，影响愈合。

要避免肛瘘的发生，一定要从生活点滴做起，预防肛瘘。东大肛肠医院专家告知：瘘管切开和切除术、挂线疗法、切开挂线法是很多医院延用的治疗肛瘘的办法，但它们却不是治疗肛瘘的好办法。传统的治疗方法在给患者带来痛苦的同时，还伴有大便失禁，括约肌损伤等并发症，究其实质，不外乎肛瘘的切开或切除术以及挂线疗法，这些治疗方法都很容易复发。HCPT微创术则以疼痛小、出血少、快速、等各项优异成绩，使传统疗法黯然失色。

HCPT微创术该手术用新一代进口全电脑多功能肛肠治疗系统HCPT操作，该设备具有高频电容场痔疮治疗功能、高频电刀、电容场止血钳功能。治疗过程疼痛小、出血少、快速、，，不影响工作。治疗后复发率极低。这种微创治疗是利用直肠纤维镜进入到肛门里面，通过监视器，直接对内口进行微创电凝，使肛瘘的内口干结闭合，然后洗干净瘘管里面的脓液，这样大便后，粪便里面的细菌和粪水无法进入周围的组织，由此阻断感染源头及痛感，使之痊愈。